“喂！天人和鬼神，来修建寺院！怀着谦逊和遵从，聚到一起来干活！快来实现赤松德赞的愿望！”
以后在鬼神的协助下，桑耶寺（不可思议寺）无有障碍地建成了。以天竺欧丹达布尔日寺（飞行寺）为蓝本，桑耶寺根据天竺传统的宇宙观设计修建。在中央的主寺有三层，象征着须弥山。代表化身刹土的底层是天竺建筑风格；代表报身刹土的中层是汉地建筑风格；代表法身刹土的顶层是西藏建筑风格。在主寺的东南西北四方建有四座较大的寺院，代表四大部洲；八座较小的寺院建在这四座寺院中间，代表八小部洲。东西有两座寺院代表日和月。四角建有四座大佛塔。沐浴更衣等居室也另有安排。所有这些建筑都被一座高大的围墙和一○八座小佛塔所围绕。围墙外是由三位王妃所建的三座较大寺院。在五年内桑耶寺群所有建筑圆满竣工。莲花生大士和堪布寂护举行了开光加持典礼，出现了许多吉祥和神奇的征相。佛殿中的佛菩萨像象活人一般走出来又走进去；万里晴空降下花雨；可以听到悦耳的天乐（以后还时常可闻）；虹光和虹幕遍布十方。震惊的人们心生稀有和信心。所有人都享受着饮食和欢娱。莲师和寂护──假为人身的真实佛陀，就在各行各业人们众目睽睽之前。圣教之光在西藏树立，源远流长。一切都充满喜悦和祥和。
桑耶寺成为禅修、礼拜、传法、研习、著作和翻译的重要场所。桑耶寺是一所大图书馆、大博物馆和宝库，收藏了西藏和来自天竺、汉地、尼泊尔和中亚的各种佛教经函、圣物和无价宝藏。正是在桑耶寺的法座上，伟大的上师们宣演佛法，幸运的弟子们成为大智者和大成就者，天竺和藏地的智者们把佛经翻译成藏文。
由于法王赤松德赞、堪布寂护、莲花生大士、毗玛拉米扎大师以及其它天竺和西藏智者的恩德，佛法在西藏牢固地植根于西藏。智者们同时教授经部和续部，藏人中涌现出许多大智者和大成就者。西藏的许多大译师，例如贝若扎那、嘎哇·华泽、却若·鲁伊嘉参、尚·益西德等，在伟大的天竺智者例如毗玛拉米扎、寂护、莲师和莲花戒等的指导下，把很多经、续翻译成藏文。
堪布寂护依照说一切有部传承把七位年轻的藏人剃度成为比丘，来观察决定西藏人能否过出家生活。他们被称为“预试七人”。鉴于他们能够持守出家戒律，成百上千的其它藏人追随他们，逐渐形成了世界上最伟大的出家僧团之一。除了宁玛巴以外，许多格鲁巴比丘也是依照由堪布寂护传入西藏的说一切有部传承受近圆戒的。
莲师给王臣传了诸多法门、灌顶和密续的付嘱，特别是他从天竺八大持明处得到的八大法行仪轨。在众多接受灌顶的弟子中，有八位分别成为这八个仪轨著名的成就主。
这期间形成了两种僧团：穿绛红色袈裟的出家比丘们，他们独身禁欲，住在寺院里；穿白色袈裟蓄长发的在家密咒师们，他们住在庙里或者村庄里。白衣僧团的引入把佛法的利益带进每家每户、男女老少，因此佛法在最基层得以弘扬和维系。相比之下，藏传佛教后弘期的其它宗派更着重于寺院里诸出家人的修学，以此来保持圣教的纯洁。
在十三个名为达仓（虎穴）的不同地方，诸如门喀乃仁和森格宗（在今日之不丹），莲师化现忿怒相将所有或高或低的非人众生制服听命。这时他被称为多杰卓洛（怖畏金刚）。
莲花生大士在他的西藏之行中实现了三大目标。首先，如前所讨论的，通过显现精神证悟的威力，他降伏了反对在西藏树立佛教法幢的人与非人势力。其次他将总的佛法尤其是密宗法门的传承和加持传给了他的许多西藏弟子以及他们的追随者。第三，为了防止甚深法门和圣物产生混淆、耗减和失传，以及为了保持它们对未来的弟子们具有新鲜的加持力，莲花生大士和益西措嘉将它们埋成伏藏。因为有莲师的伏藏传承，他的追随者们至今仍可得到他具有新鲜加持力的适时的法门和授记。由于通灵的力量、精灵的力量、净相以及精神力量在这个世界上存在着许多神秘的发现，但莲师的伏藏传统在起过程和实质上是完全独一无二的。摘引第三世多珠钦的解释，我想在此略述一二。
莲花生大士在给他诸具证弟子传授密宗法门的同时，也将许多法门埋成伏藏。它是通过莲师证悟的妙力把法门和密宗悉地埋藏于具证弟子清净自性本觉的心相续中，并发愿祈祷这个伏藏将在适当的时候为了利益众生而开启。通过这种被称为心意付嘱传承（gTad rGya）的方式，该法门的开启便成为了可能。
此后当某特定法门利益众生的时候到来时，莲师的具证弟子们之转世化身将发掘出这个伏藏──在他们过去的某一世中莲师曾给他们传授此法门并将其埋藏于他们的相续中。
根据发掘的方式不同，伏藏有两大类。第一类是土伏藏（Sa gTer）。土伏藏在发掘时会包含有一些世间之物，例如写在被称为“黄卷”（Shog Ser）的纸上的伏藏标题（brDa Yig）。然而伏藏标题仅仅是开启伏藏的钥匙；它既不是真正的伏藏法也不是悉地的传承──这只会来自于掘藏师的意。当掘藏师开启了伏藏标题，他专注于此伏藏标题或以自己的赤裸明智与之融合，由此唤醒伏藏在自己相续中的莲师金刚语明智力传承。专注于伏藏标题使他能够解碼伏藏文字，而解碼则反过来唤醒被伏藏的法门和悉地的传承自身。除了伏藏标题外，还有从岩石、湖、地里、或虚空中发掘出来的成千上万的完整经函、药物、佛像、法器等伏藏物（gTer rDzas）。
第二类是意伏藏（dGongs gTer）。意伏藏的埋藏、传承和发掘方式与土伏藏相类似，但意伏藏不依赖于任何外在的或世间的所依（例如黄卷）作为开启的钥匙。在很多意伏藏的公案中，在境相中看到听到表示词句或声音导致了伏藏的开启，但通常开启意伏藏不需依靠外缘，也无须世间之物作为开启伏藏的方便。当因缘时机成熟时，掘藏师通过自然从自己明智界中唤醒心意付嘱传承而开启意伏藏。
还有第三种神秘发掘出法门的重要方式被称为“净相”（Dag sNang）。净相法门不是伏藏。它们仅仅是在境相中由佛菩萨、本尊和上师传授的法门。然而也存在这样的公案，即伏藏法门在净相中被开启并被标明为净相法；如果真是这样的话，它们事实上是伏藏法门，而不是一般的净相发现。
就宁提法门而言，莲师在止贡山谷卓朵地方的底卓寺将十七续和包括《空行宁提》在内的大圆满窍诀部《龙萨续》秘密传予益西措嘉。后来在桑耶附近的青普，当法王赤松德赞的女儿八岁大的贝玛萨公主去世时，莲师以神通将她的心识钩回她的身体。当她复活时，莲师把《空行宁提》的传承和窍诀付嘱给她，并授命她为法嗣，随后她去世了。莲师对益西措嘉指示道：“现在是《毗玛宁提》利益宁提学人的时候。但当《毗玛宁提》衰落时，《空行宁提》将利益众生。因此请把《空行宁提》埋成伏藏。”莲花生大士对法王说：
“唉玛吙！大国王，请听我言：
世间之事无有实义。不要在无穷无尽的痛苦轮回中头出头没，而应确保能够获得法身这个永远统治的国王。
证悟对境的精髓──无生法界；
待在住处的精髓──林中独居；
寻找隐修处的精髓──明空无二的究竟自性；
休息于房屋的精髓──心的本来面目；
建立起厨房的精髓──正知正念；
开发宝藏的精髓──胜俗二菩提心；
拥有财富的精髓──福慧二资粮；
行于福德的精髓──十善业；
具有父性的精髓──对众生生起悲心；
保持母性的精髓──自性空；
持有孩童的精髓──生圆次第无二双运；
禅修配偶的精髓──明、乐和无念；
瞻视朋友的精髓──善逝的法门；
持守坛城的精髓──无改的明光；
遵从法门的精髓──自净其意；
直视见的精髓──不变的明空；
住于修的精髓──法尔如是的心性；
行的精髓是──拆除二元幻相；
证得果的精髓──无勤自生大圆满。
其后你将于此生与来世永安乐，并将速证菩提果。”
遵从莲师的指示，益西措嘉把窍诀部的密续和窍诀伏藏于不丹苯塘的森格扎，把古萨里派教言（《空行宁提》）伏藏于达波当砻的扎摩札。数世纪后贝玛萨公主的转世贝玛勒遮嚓（1291-1319？）取出了埋藏在扎摩札的《空行宁提》伏藏；贝玛勒遮嚓的下一生转世龙钦饶绛，以讲和着将宁提法门弘扬光大。